Bem devagarinho mas continuo desenvolvendo meu controlador de rotores. Hoje ajustei alguns detalhes do software pois o hardware foi modificado desde o primeiro protótipo. Ajustei a pinagem do LCD, e agora ele está funcionando 100% com a biblioteca original da nova versão do Arduino, estou dando nomes genéricos para os botões e para as entradas Analógicas, assim fica mais fácil ler o código messes depois.
Como a interface ISP está errada estou utilizando o bootloader do arduino. Parece que o único erro na pcb foi aqueles dois pinos invertidos mesmo.